Abans de començar les obres, la direcció del Museu ha optat per encarregar treballs de prospecció arqueològica a la Capella i un estudi aprofundit, que en permeti conèixer millor els orígens. Avui començaven aquests treballs. De la Capella se’n sap poca cosa, bàsicament que es remunta al segle XIV i que inicialment era la capella de l’ antic hospital dels Trinitaris. Així que acabin aquests treballs està previst que comencin les obres de reforma de la Capella de Sant Pelegrí, que acabaran entre la primavera i l’ estiu del 2007. Exteriorment, la Capella no canviarà massa exceptuant que s’obrirà una porta a la façana, on actualment hi ha la finestra. En canvi, a l’ interior, es milloraran les condicions de la Capella com a sala expositiva. Després de la Capella de Sant Pelegrí, les obres continuaran pel Palau Real. Tot això forma part del projecte global del museu, que inclou un nou projecte museogràfic més ambiciós.Les obres del museu seran el resultat d’un esforç comú entre varis actors i ha d’esdevenir un equipament essencial a la comarca.